澳洲科学家找到破解新冠病毒“缺失一环”!95.5%的基因数据未包含这一关键信息(组图)
近日,来自维州基隆的联邦科学与工业研究组织(CSIRO)科学家领导的一项新研究,揭示了理解新冠病毒及其进化过程中“缺失的一环”。
据GeelongAdvertiser网站11月22日报道,基隆的CSIRO科学家的一项新研究发现,目前世界上最大的新冠病毒基因组数据库中有95.5%的条目没有包含相关患者信息,而这些缺失的信息构成了了解新冠病毒及其进化之谜的关键部分。
CSIRO位于基隆的研究所(图片来源:GeelongAdvertiser网站)
研究人员利用这一发现开发了一种标准化的数据收集模板,可以在全球共享流感数据倡议组织(GISAID)的数据库上应用,而无需识别患者,也更容易让治疗患者的临床团队分享更多知识。
这使得科学界能够获得包括症状、疫苗状态和旅行史在内的重要信息,从而更全面地了解新冠病毒对每个患者的影响。
导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒是历史上测序最多的病毒之一,截至周一,GISAID上的病毒序列已超过了20万条。过去两个月内上传了10万个病毒序列,创下了全球纪录。
这项研究是与GISAID和其他学术伙伴合作进行的,它提出了一种标准化的数据收集方法,以帮助世界各地的科学家和临床医生收集和分享抗击新冠病毒中获得的重要信息。
新冠病毒(图片来源:网络)
该论文的资深作者、CSIRO的基隆研究员S.S. Vasan博士表示,尽可能详细地收集“患者旅程”对于了解病毒进化对该病的影响,及进化产生的后果至关重要。
“我们迫切需要将这些与病毒基因组序列有关联的患者数据去识别,以便破译疾病结果是由一个突变,还是由于病毒或宿主因素(如年龄、性别和共病)带来的多重突变造成的。”
“治疗患者的临床团队很可能知道这些信息,但由于涉及的步骤太多,他们不会把这些信息送到像GISAID这样的公共资源库。”
由于认识到对临床数据的需求,GISAID自2020年4月27日起将“患者状态”作为上传病毒序列的一个强制性字段。然而,该研究显示,缺乏收集临床信息的数字化基础设施阻碍了这一进程。
(图片来源:网络)
首席作者、CSIRO研究员Denis Bauer 博士说,采用了这项研究提出的数据收集模板后,未来通过GISAID计划共享的序列可能包含更多有意义的去识别患者信息。
Barwon Health医院的传染病卫生主任Eugene Athan对新的数据收集模板表示欢迎,“Barwon Health与CSIRO和迪肯大学合作,正在领导一项关于新冠病毒的长期生物、生理和心理影响的研究,我们打算在我们的数据收集和报告中应用这一机制。”
他说:“通过简化和标准化的方法共享相关患者信息以及基因组序列,将有助于对COVID-19进行关键研究,并在不同研究和人群之间进行比较。”
(Alan)